1- عدم آماده‌سازی زیرساخت و بستر: اجرای نظام مالیات بر ارزش افزوده در اصل حمایت از بخش تولید است. چرا که این نظام مالیات اخذ مالیات از تولیدکننده را به سمت مصرف‌کننده سوق می‌دهد. در شرایطی که اصلاح نظام مالیاتی لازم است از پایین به بالا آغاز شود چرا که اجرای قانون مالیات بر ارزش افزوده از بخش تولید حمایت می‌کند اما در ایران دولت از بالا به پایین اقدام به اجرای قانون مالیات بر ارزش افزوده کرد. در این روش، ابتدا فشار بر واردکننده و تولیدکننده وارد می‌شود و بر اساس سلسله مراتب، آنها اولین مجریان گرفتن مالیات به نیابت از دولت هستند. در این روش واردکننده باید از تولیدکننده این مالیات را دریافت کند اما تولیدکننده نمی‌داند که می‌تواند این مالیات را از عامل بعدی که توزیع است، باز پس گیرد یا خیر و این فرآیند ابهام، تردید و ناامنی در این سلسله مراتب همواره وجود خواهد داشت. یکی از اهداف نظام مالیات بر ارزش افزوده حمایت از تولید است، چرا که چنین ساز و کاری اخذ مالیات را از بخش تولید به بخش مصرف سوق می‌دهد ولی آنچه اکنون در کشورمان درباره اجرای قانون مالیات بر ارزش افزوده رخ داده، به اصل این ساز و کار بر نمی‌گردد بلکه برآمده از فراهم نکردن الزامات و بسترهای لازم برای پیاده کردن این طرح در حوزه‌های مختلف بوده است.
2- مشکلات اجرایی مالیات بر ارزش افزوده: به دلیل وسعت مشکلات اجرایی، دولتها در اعمال این نوع از مالیات دچار تردید می‌شوند. اهم این مشکلات عبارتند از:
- نحوه برخورد با خرده‌فروشان (مشاغل جزء): این اشکال در کلیه کشورها، به ویژه در کشورهای در حال توسعه، که با تعداد بیشتری واحدهای خرده‌فروشی مواجه هستند، مطرح است و ضرورت ایجاب می‌کند که در این زمینه تجدیدنظرهایی در بافت اقتصادی-فرهنگی صورت پذیرد. مجهز نبودن اکثر توزیع‌کنندگان خرده‌فروش به سیستم‌های مکانیزه فروش و عدم صدور فاکتور، باعث می‌شود که محاسبه مالیات یا غیرممکن یا در صورت امکان بسیار سخت و هزینه‌بر باشد. از این رو بعضا از گرفتن مالیات خرده‌فروشان صرف‌نظر می‌شود.
- چگونگی برخورد در خصوص مواد غذایی کشاورزی: تجربه کشورها نشان دهنده این مهم است که بیشتر کشورهای برقرار کننده مالیات بر ارزش افزوده، به دو دلیل مواد غذایی را از شمول مالیات خارج می‌سازند: الف- رعایت عدالت اجتماعی و سیاست حمایت از قشر وسیع کم درآمد، ب- مشکلات اجرایی خاص اعمال این نوع مالیات.
- نحوه عمل در مورد کالاهای سرمایه‌ای: در کشورهای در حال توسعه، به لحاظ ضرورت تشویق سرمایه‌گذاری، کالاهای سرمایه‌ای را مشمول مالیات با نرخ صفر قرار می‌دهند و مالیات متعلق به خریدهایی را که به کالاهای سرمایه‌ای موسسات مربوط می‌شود، به صورت یکجا یا به تدریج از حساب مالیات بر فروش آنها کسر می‌کنند.
- مشکلات وصول مالیات از خدمات (نظیر بانکها و بیمه‌ها): این دسته از خدمات را به دلایل زیر از پرداخت مالیات بر ارزش افزوده معاف می‌کنند:
الف- دشواری زیاد تشخیص ارزش افزوده ایجاد شده در این خدمات
ب- اگر قرار باشد که این دست خدمات مشمول مطالبه مالیات باشند، در مواردی که برای تشخیص ارزش افزوده این موسسات اقدام به شیوه علی‌الراس ضروری است، ملاک خاصی برای تعیین ماخذ محاسبه به شیوه علی‌الراس وجود ندارد.
ج- امکان جابجایی سرمایه به دلیل نقل و انتقال پذیری آن در صورت اخذ مالیات سنگین
د- ارزش پایین درآمد حاصل از این نوع مالیات در قبال مخارج تعیین و وصول آن
تاریخچه مالیات بر ارزش افزوده در ایران