شیوه اجرای مالیات بر ارزش افزوده تحت دو اصل مبدا و اصل مقصد می‌تواند اجرایی شود.
در اصل مبدا مالیات بر ارزش افزوده همه کالا و خدماتی که در کشور تولید می‌شوند، وضع می‌شود. ولی در اصل مقصد، مالیات بر ارزش افزوده بر همه کالاها و خدماتی که در کشور مصرف می‌شوند، وضع می‌شود.
تفاوت این دو اصل در بحث صادرات و واردات مطرح است. مالیات بر ارزش افزوده در کلیه کالاها و خدماتی وضع می‌شود که در داخل مرزهای یک کشور به مصرف می‌رسد، این در حالی است که کالاها و خدمات صادر شده، در کشوری دیگر (کشور مقصد) مصرف خواهد شد. بنابراین کالا و خدمات تولید شده در مبدا در مقصد مصرف می‌شود و مالیات و عوارض ارزش افزوده نیز در داخل مرزهای کشوری که مصرف‌کننده است، اعمال می‌شود. بنابراین :
بر اساس اصل مبدا صادرات مشمول مالیات، مالیات معاف از مالیات (نرخ صفر)
بر اساس اصل مقصد صادرات معاف از مالیات (نرخ صفر) ، مالیات مشمول مالیات
به منظور تشویق مودیان به صادرات، بهترین شیوه جهت اجرای نظام مالیات بر ارزش افزوده، استفاده از روش اصل مقصد می‌باشد.
تاریخچه مالیات بر ارزش افزوده در ایران